Het Flevoziekenhuis kent een organisatiestructuur met clusters. Binnen het cluster electief bestaat de vakgroep MDL uit 9 MDL-artsen met duidelijke differentiaties. Naast een ervaren team van endoscopieverpleegkundigen zijn tevens gespecialiseerd verpleegkundigen werkzaam op de polikliniek. De MDL beschikt over een klinische afdeling met 18 bedden en een dagbehandeling.
Er zijn 4 volledig geoutilleerde endoscopiekamers, waarvan 1 met eigen röntgenfaciliteit, en er is een uitslaapfaciliteit aanwezig. De MDL zorg wordt in de volle breedte uitgevoerd, inclusief ERCP, VCE en EUS. De afdeling participeert in het bevolkingsonderzoek darmkanker en is erkend hepatitis behandelcentrum. Sinds 2013 heeft de vakgroep MDL, in samenwerking met het Amsterdam UMC, opleidingsbevoegdheid. De vakgroep draagt eveneens bij aan de opleiding van AIOS Interne Geneeskunde. Er bestaat een nauwe samenwerking met het Amsterdam UMC.